1978년 9월 30일 새벽 4시 30분 빈센자 수녀가 교황의 사체를 발견했다. 교황은 안경을 쓰고 메모를 손에 든 채 침대에 앉아 죽어 있었다. 교황 즉위 33일째였다. 교황의 죽음에 대한 의문이 쏟아져 나왔다. 병이 있었던 것도, 사고가 있었던 것도 아니었다. 바티칸 내부의 고위 성직자들이 새 교황의 혁신적인 방침에 반감을 갖고 있다는 사실은 잘 알려져 있었다.
수녀의 보고를 받고 급히 달려온 비요 추기경은 저혈압 약병과 교황의 손에 들려 있던 메모를 주머니에 넣었다고 한다. 교황이 쓰고 있던 안경과 슬리퍼도 어느 사이에 사라졌다. 나중에 아무리 찾아도 발견되지 않았다. 비요 추기경의 연락을 받고 달려온 아조넷 의사는 사인을 급성심근경색이라고 진단했다.
하지만 환자의 병력을 모르는 의사가 사인을 심근경색이라고 하려면 유체의 해부가 필요하다. 아조넷 의사는 교황의 주치의는 아니었다. 주치의 다로스 박사는 교황은 혈압이 조금 낮을뿐으로 심장에는 이상이 없었다고 했다.
이상한 사실은 비요 추기경이 달려온 것이 오전 5시, 의사가 유체를 진단한 것이 6시인데, 바티칸에서 장의사를 데리러 온 것은 오전 5시 경이었다. 그렇다면 바티칸에서 5시 전에 출발했어야 한다. 비요 추기경이 유체의 방부처리를 서두른 것도 이상했다. 이탈리아 법률은 사후 24시간 이내에 방부처리할 수 없도록 되어있는데도 12시간만에 처리한 것이다.
바티칸은 교황의 유언장이 없다고 했지만 교황의 조카는 "숙부는 부임자가 바뀔 때마다 유언장을 다시 썼다"고 했다.
1984년 작가 야롭은 독살설을 주장했다. '지키탈리스'는 무색무취여서 어떤 음식에도 섞응 수 있고, 유체만 보고는 독살이라는 것을 알 수 없다. 교황은 언제나 머리맡에 저혈압 물략을 놓고 있었기 때문에 거기에 지키탈리스를 조금 넣으면 간단히 죽일 수 있다고 했다.